Chime VRML Animated GIF Java Anwendungsbeispiele

Chime


Chemscape Chime funktioniert als Plug-In und kann nicht nur Ball&Stick darstellen, sondern verfügt über zahlreiche Darstellungsmethoden und Farbgebungen, die mit der rechten Maustaste eingestellt werden können. PDB - Dateien können so z.B. mit folgendem Quelltext in HTML - Dateien eingefügt werden:

<embed border=0 src="b12ah.pdb" align=abscenter width=300 height=300 spiny=360 startspin=true display3D=ball&stick PLUGINSPAGE="http://www.ch.ic.ac.uk/cgi-bin/plugin.cgi"> </embed>

Die dargestellten Dateien können auch auf dem lokalen Rechner des Benutzers entweder als *.MOL oder als *.PDB - Datei gespeichert werden.
Ich habe hier ein paar Seiten zusammengestellt, die Chime benutzen:
  • Liz Dorland's Chemistry Tutorial and Resource Page
  • Macrogalleria
  • Dublin City University
  • An electronic overview of basic Biochemistry
  • An Introduction to Basic Organic Nomenclature
  • Molecules: Ueber tausend Molekuele mit Chime

  • VRML

    Koffein Virtual Reality Modelling Language funktioniert ebenfalls als Plug-In. VRML dient nicht nur zur Darstellung von Molekülen, sonder kann, wie der Name schon andeutet, ganze virtuelle Welten darstellen. Eine gute Auswahl an Plug-Ins findet man im TUCOWS - Archiv. Moleküle kann man recht einfach mit einem Konverter (oder auch Molecule to VRML converter engine) vom *.PDB in das *.WRL - Format konvertieren. In eine eigene Seite einfügen kann man dann die *.WRL - Datei folgendermaßen:

    <embed border=0 src="caffeine.wrl" align=abscenter width=300 height=300> </embed>
    Intensiv beschäftigt sich die TH Darmstadt mit der Darstellung von chemischen Zusammenhängen mit Hilfe von VRML.

    Animated GIF


    Aspirin
    Animated GIF ist ein Grafikdateiformat, in dem mehrere Bilder in einer Bilddatei gespeichert werden, die dann in einer definierten Frequenz nacheinander angezeigt werden. In dem Beispiel werden 10 GIF - Bilder ständig wiederholt. Daraus kann leicht eine größere Dateigröße resultieren als bei den PlugIn - Lösungen. Außerdem fällt jegliche Interaktion mit dem User weg. Der Vorteil ist der, daß diese Darstellungsart ganz ohne Extraprogramm auskommt. Eine sehr komfortable Möglichkeit, solche Bilder zu erzeugen, bietet das GIF Construction Set. Um Moleküle aus verschiedenen Blickwinkeln als GIF - Datei speicher zu können, kann man sich z.B. eines Programms wie RasMol bedienen. So können dann die Bilder in die Seite eingefügt werden:

    <img src="asp_an.gif" alt="Animated GIF"> </embed>


    Java


    "Buckyball" - Fullerene
    Java ist eine plattformunabhängige Programmiersprache, die der Sprache C++ stark ähnelt. Applets sind Javaprogramme, die in HTML - Seiten eingebunden werden können:

    <applet code=XYZApp.class width=300 height=300> <param name=model value=buckminsterfullerine.xyz> </applet>

    Der Quellcode dieser Anwendung wird von einem Compiler in Bytecode (die *.Class - Datei) übersetzt, der dann vom Browser interpretiert wird.

    Auch leistungsfähige, große Programme, wie z.B. "Corel Office", werden mittlerweile in Java geschrieben. Gerade für die Chemie ergeben sich mit dieser Programmiersprache excellente Möglichkeiten, Zusammenhänge interaktiv mit dem Benutzer darzustellen. Folgende Seiten im WWW sind geeignete Anlaufpunkte, um über Anwendungen von Java für Chemie mehr zu erfahren:

  • Chemical Java - Examples and Tutorials"
  • MolEdit
  • Java Lattice
  • Gamelan

  • Online Education

  • Educational Material for Organic Chemists (EMOC)
  • Die Schulchemie Homepage